赔偿损失的入账流程通常包括以下几个步骤：

确认赔偿金额

确定赔偿的具体金额，并与赔偿方协商一致。

开具赔偿单

赔偿方出具赔偿单，注明赔偿金额、原因等信息。

银行转账

赔偿方通过银行转账将赔偿款转入受赔偿方指定的账户。

资金到账

银行系统处理转账请求，确保资金在规定时间内到账。

对账确认

双方核对账户余额，确认赔偿款已到账。

财务处理

受赔偿方在财务系统中录入收入或支出，并附上转账凭证和赔偿协议等相关资料。

审核

财务部门对账目进行审核，确保账目准确无误。

税务处理（如适用）：

如涉及税务问题，赔偿方可能需要开具赔偿发票。

在整个过程中，双方应保持沟通，确保赔偿款安全、及时地入账。需要注意的是，具体的会计处理可能因企业会计政策和所在国家的会计准则而有所不同。