自然人独资企业应缴纳的税种主要包括个人所得税和增值税。以下是具体的税率和计算方法：

个人所得税

适用税率：按照《个人所得税法》的规定，个人独资企业的生产经营所得适用5%至35%的五级超额累进税率。

计算方式：应纳税所得额 = 收入总额 - 成本 - 费用 - 损失。然后根据不同的收入额适用不同的税率。

增值税

适用税率：如果个人独资企业销售货物或提供修理修配劳务，需要缴纳增值税。

税率：一般为4%或6%，具体取决于销售的货物或提供的服务类型。

其他税种

印花税、房产税：根据企业的具体情况缴纳。

附加税：包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等。

核定征收

对于小规模个人独资企业，可以申请个人经营所得税核定征收，综合税率可能在3%左右。

示例计算

假设一个个人独资企业的年收入为400万元，增值税税率为4%，个人所得税适用10%的税率（假设收入超过30000元），则大致计算如下：

增值税 = 400万 × 4% = 16万

个人所得税 = （400万 - 成本 - 费用 - 损失） × 10%