免税花木发票的入账处理通常遵循以下步骤：

确认发票内容

核实发票内容是否准确，包括苗木的规格、数量、单价等信息。

确认应税项目是否完整，确保所有必要的费用和成本都被记录。

计算进项税额

根据免税苗木发票的金额，按照规定的扣除率计算进项税额。扣除率可能根据最新的税法规定有所变化，例如，自2017年7月1日起，纳税人销售农产品的税率为11%，但具体税率可能有所调整。

会计分录处理

对于增值税专用发票，会计分录通常为：

```

借：原材料/库存商品/生产成本

贷：银行存款/应付账款

借：应交税费-应交增值税（进项税额）

贷：其他应付款

```

对于免税的增值税普通发票，通常不进行进项税额的抵扣，因此不进行会计分录处理。

税务申报

将增值税的申报资料提交给税务机关备案，确保正确缴纳税款。

记录销售

当苗木销售时，由于苗木属于免税商品，销售发票上不需要体现税额。

销售收入直接计入主营业务收入账户，相关成本则从存货账户转至主营业务成本账户。

年终结算

根据销售苗木的金额计算免税苗木的税额，并在“应交税费—应交增值税”贷方进行体现。

请注意，以上步骤和会计分录可能因具体的业务类型、税法规定以及企业会计政策而有所不同。务必遵循最新的税法规定和会计标准进行操作。