审计证券公司通常涉及以下几个方面：

了解被审计单位的业务及软件使用情况

证券公司业务使用的软件，如恒生证券交易系统软件，分为CUR（归档库）、HIS（历史库）和RUN（当前库）三个库。

获取数据字典，了解每张数据表的核算内容，并选取所需的数据表进行审计。

数据转换与准备

将选定的数据表从恒生软件导入通审（人寿版）软件，并进行数据结构录入。

审计实施

一对多审计：通过汉化编程模块统计一个资金账号所对应的所有股东号个数，筛选出一对多个数超过规定值的记录。

客户透支检查：检查结算资金账户中是否有红字余额，确认是否存在客户透支情况。

自营与代理业务区分：审核代理买卖证券款中是否包含自营证券买卖款，防止自营与代理业务混合操作。

资产负债表与资金表审查：抽查资产负债表和资金表，确保银行存款与清算备付金之和与客户代买卖证券款基本相等。

新股申购与中签情况：选取申购新股记录，检查资金量较大的申购及中签情况。

大额透支账户抽查：对大额透支账户进行审查。