根据《土地增值税暂行条例》第六条和《土地增值税暂行条例实施细则》第七条的规定，对于企业因违约而承受的处罚性开支，如土地闲置费及契税滞纳金等，不属于按税法规定正常开支的成本费用和国家统一规定交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳税金的范畴，不能作为扣除的项目金额。因此，在计征土地增值税时不能作为正常的成本费用支出予以扣除。

缴纳土地增值税的会计分录

主营房地产业务的企业

借：税金及附加

贷：应交税费——应交土地增值税

兼营房地产业务的企业

借：其他业务支出

贷：应交税费——应交土地增值税

按税法规定预交土地增值税

借：应交税费——应交土地增值税

贷：银行存款

收到退回多交的土地增值税

借：银行存款

贷：应交税费——应交土地增值税