当付款金额与收到的增值税发票存在差额时，会计处理方式取决于差额是否需要在未来业务中继续结算。以下是两种情况的会计分录处理：

1. 如果差额需要在以后的业务中继续结算：

```

借：库存商品（或原材料、固定资产等科目）

借：应付账款（或预付账款、其他应付款等科目）---xxx

贷：银行存款

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2. 如果差额不需要继续结算，或确认无法收回或支付：

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借：应付账款

贷：营业外收入

```

或者

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借：应付账款

贷：坏账损失

```

请根据具体情况选择合适的会计处理方法。