货运物流公司主要需要缴纳的税种包括：

增值税

陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务，一般纳税人税率为9%，小规模纳税人税率为3%。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

城市维护建设税

市区税率为7%，县、镇税率为5%，其他地区税率为1%。

教育费附加 和 地方教育附加

教育费附加税率为3%，地方教育附加税率为2%。

企业所得税

基本税率为25%，符合条件的小型微利企业可享受减按20%的优惠税率，国家重点扶持的高新技术企业可享受减按15%的优惠税率。

其他可能的税种

印花税、车船税等。

请注意，税率可能会根据最新的税法规定和优惠政策有所变动，具体情况建议咨询当地税务机关或专业税务顾问