工程运费通常应计入以下科目：

工程物资的采购成本：

如果运费是直接用于购买工程物资，如建筑原材料或设备，则应计入“在建工程”科目。

其他流动资产：

建筑行业的运费有时也被视为流动资产，可以归类为“其他流动资产”项下。

应付账款：

如果运费是企业应支付的款项，则应计入“应付账款”科目。

工程施工--运输费：

如果运费是直接用于工程项目，也可以直接计入“工程施工”科目下的“其他直接费”。

营业费用或管理费用：

如果运费与在建工程无关，例如用于企业的日常运营或管理活动，则可能计入“管理费用”科目。

具体的会计处理应根据运费的性质、目的以及企业的会计政策来确定。请根据实际情况进行核算