垫付的运费应该计入应收账款科目。具体的会计分录如下：

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借：应收账款

贷：库存现金/银行存款

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当收回垫付的运费时，会计分录为：

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借：库存现金/银行存款

贷：应收账款

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应收账款是企业因销售商品、提供劳务等经营活动应向购货单位或接受劳务单位收取的款项，其中包括代购货单位垫付的包装费、运杂费、保险费等。