公司合并时股份的确定通常遵循以下步骤和原则：

评估市场价值

在合并前，合并各方根据市场价值评估各自公司的股权比例。

公司可能会将未分配利润、资本公积和盈余公积转增注册资本。

合并方式

合并分为吸收合并和新设合并。

吸收合并中，一个公司吸收其他公司，被吸收的公司解散。

新设合并中，两个以上公司合并成立一个新的公司，合并各方解散。

股份分配

股份分配可以基于合并前的股份比例，也可以基于市场价值。

合并后，注册资本通常是各方注册资本的总和。

股东按照原来的持股数量合并到合并公司中。

法律和章程规定

合并应依照《公司法》等相关法律法规进行。