差额征税开票的入账方法如下：

确认收入

当企业收到差额征税的发票时，应根据发票上的金额和税额入账。

如果是普通发票，价税合计金额应计入成本费用科目。

如果是增值税专用发票，税额应计入“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，不含税金额计入成本费用科目。

申报税款

根据实际支付或应付的金额与增值税额的差额，借记“主营业务成本”等科目。

贷记“银行存款”或“应付账款”等科目。

开具发票

如果差额部分可以开具增值税专用发票，则按差额部分开具专票。

如果差额部分不得开具专票，则可能需全额开具普通发票。

会计分录

确认收入时：

```

借：银行存款/应付账款

贷：主营业务收入

应交税费——应交增值税（销项税额抵减）

```

支付给劳务派遣员工工资、福利和办理社会保险及住房公积金时：

```

借：应交税费——应交增值税（销项税额抵减）

主营业务成本

贷：银行存款

```

备注说明

在记账凭证中应明确标注该发票为差额征税的发票，并在备注栏中注明“差额征税”字样。

请根据具体情况选择合适的会计处理方法，并确保记账凭证的准确性和合规性。