分公司缴纳税款的方式通常有以下几种：

独立纳税

分公司若办理了税务登记，则为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。

分公司需要根据所得税法规定，按照年度利润计算并缴纳企业所得税。

汇总纳税

如果总分公司在同一个省，可以由总部统一缴纳企业所得税。

如果跨省，需要统一计算后再按照一定的比例分头缴纳，需在电子税务局办理备案。

特定情况下的集中缴纳

经国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记的情况下，可以由总机构汇总缴纳增值税。

其他税种

如城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等，一般根据增值税或消费税的缴纳情况，在分公司所在地进行申报缴纳。

印花税、房产税、土地使用税等则根据分公司的实际情况，在所在地申报纳税。

纳税流程通常包括：

税务登记

分公司自领取营业执照之日起三十日内，凭借相关证件向税务机关申报办理税务登记。

纳税申报

向所在地的主管税务机关申报纳税。

缴纳税款

按照法律规定，及时足额地履行交纳税收义务。

请注意，税务政策可能会有所变动，具体情况建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获得最新信息