收到商品短款的入账步骤如下：

确定短款原因

确认商品短款的具体情况，比如是商品本身的问题、运输过程中的损失还是其他原因。

记录现金日记账

如果涉及现金交易，在现金日记账中记录短款的发生。

借记“现金短款”科目，贷记“其他应付款”科目。

报告上级

将短款情况报告给上级领导或相关部门，等待进一步处理。

调查原因

上级领导或财务部门调查短款原因，确定责任人。

处理责任人

根据调查结果，对责任人进行处理，如扣除工资、罚款等。

更正现金日记账

将责任人赔偿的款项补回，借记“其他应付款”科目，贷记“现金”科目。

结转损益

将短款损失计入当期损益，借记“管理费用”科目，贷记“现金短款”科目。