当企业收到物流公司开具的增值税专用发票时，可以按照以下步骤进行会计入账：

确认费用归属

如果运费用于销售商品运输，则计入 销售费用。

如果运费用于生产采购原料等，则计入 制造费用。

会计分录

借：销售费用/制造费用

应交税费—进项税

贷：银行存款/现金/应付账款

进项税额抵扣

如果企业是一般纳税人，并且运费用于增值税应税项目，可以凭票抵扣运费的进项税额。

如果未取得增值税专用发票，则不得抵扣运费的进项税额。

付款处理

如果运费已付款，则按照实际付款方式做账。

如果运费未付款，则先计入应付账款，付款时再借记应付账款，贷记银行存款。

请根据具体情况选择合适的会计分录，并确保符合当地税法和会计准则的要求。