当个体开票金额超过核定额度时，需要按照以下步骤进行补税：

及时申报：

个体户应当在法律、行政法规规定的申报期限内，及时向主管税务机关进行申报。

缴纳税款：

根据实际开具的发票金额计算应缴税款，并在申报时一并缴清。

重新核定定额：

如果个体户的经营额、所得额连续超过核定定额，税务机关有权重新核定其定额。

补缴超额税款：

对于超过定额部分的税款，应按实际开具的发票金额计算后补缴。

处理滞纳金：

如果未能按时申报和缴纳税款，税务机关可能会加收滞纳金，并依法予以处理。

变更纳税人身份：

如果年销售额超过规定限额（如500万元），个体户可能需要转为一般纳税人，并按照一般纳税人的税率缴纳税款。

请根据当地税务机关的具体规定和流程进行操作，并咨询当地税务局获取最新的指导和帮助