物流公司通常需要缴纳的税种包括：

增值税

运输服务（陆路、水路、航空、管道）：一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。

物流辅助服务（仓储、配送、货运代理等）：一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

企业所得税

税率为25%，但符合条件的小型微利企业可享受优惠税率。

城市维护建设税

税率根据地区不同，市区为7%，县城、镇为5%，其他地区为1%。

教育费附加 及 地方教育附加

教育费附加税率为3%，地方教育附加税率为2%。

房产税、 车船税、 土地使用税

根据公司资产和运营情况缴纳。

印花税

货物运输合同印花税税率为万分之五，仓储保管合同的印花税税率为千分之一。

个人所得税

员工工资、薪金所得适用3%-45%的七级超额累进税率，劳务报酬所得适用20%-40%的税率。

个体工商户或个人独资企业投资者按“经营所得”缴纳个人所得税，适用5%-35%的五级超额累进税率。

物流公司还需注意其他可能的税费，如水利建设税、契税、土地增值税等。税务申报时，应遵循当地税务机关的规定和要求