在计算企业的净利润时，通常需要从利润总额中扣除以下费用：

营业费用：

包括销售费用、管理费用和财务费用等。

管理费用：

涉及日常运营中的管理支出，如职工福利费、工会经费、职工教育经费等。

财务费用：

包括利息支出等与借款相关的费用。

税金：

某些税金可以在计算税前利润时扣除，例如增值税以外的其他税金。

损失：

包括营业外支出、经营亏损和投资损失等。

其他扣除项目：

如公益性捐赠支出（在年度利润总额的12%以内部分）、固定资产租赁费、坏账准备金等。

需要注意的是，上述扣除项目及其标准可能会根据最新的税法规定和实施细则有所变动。因此，在具体操作时应以最新的税法规定或咨询税务专业人士为准。