招标代理费通常应计入“管理费用”科目。具体会计分录如下：

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借：管理费用-招标费

贷：银行存款

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如果招标代理费用与特定项目相关，也可以根据企业内部管理需要，将其计入相关项目的成本中，如“在建工程”、“研发支出”等科目。

需要注意的是，招标代理费是企业在参与招标活动过程中支付给招标代理机构的费用，属于企业日常经营管理活动的一部分。