物流公司应缴纳的税种主要包括：

增值税

物流企业提供陆路、水路、航空和管道运输服务，一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。

仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。

企业所得税

基本税率为25%，对符合条件的小型微利企业、国家重点扶持的高新技术企业等可能有不同的优惠税率。

个人所得税

对企业员工工资薪金等收入征收。

城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加

与增值税和企业所得税相关联的附加税费。

印花税

对合同、凭证等征收。

房产税、土地增值税

房产税是对公司自有房产征收的税，土地增值税是在出售房产时需要缴纳的税。

车辆购置税

企业购买车辆时需要缴纳的税。

其他税费

包括车船税等。

物流公司还需注意申报如工公经费、社保、公积金、残保金等其他费用。具体的税率和计算方法可能会根据企业所在地区和具体业务类型有所不同，请以当地税务机关的规定为准。