在土地增值税清算过程中，允许扣除的税金主要包括以下几项：

城市维护建设税：

这是与转让房地产有关的一项重要税金，允许据实扣除。

教育费附加：

同样是与转让房地产相关的税金，也可以视同税金予以扣除。

地方教育附加：

这是教育费附加的补充，同样允许扣除。

印花税：

在转让房地产时缴纳的印花税也可以作为扣除项目。

此外，与转让房地产有关的其他税金，例如营业税，在营改增后，实际缴纳的城市维护建设税和教育费附加也可以按清算项目准确计算后扣除。

综上所述，土增清算税金主要包括城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加和印花税。这些税金的扣除旨在合理计算土地增值额，确保税收的公平性和合理性。建议在实际操作中，仔细核对各项税金的计算和扣除情况，以保证符合相关法规要求。