工程预缴的计算方法通常涉及以下几个方面：

预付款计算

百分比法：通常为合同价的一定比例，如10%~30%。

公式计算法：可能包括年度工程总价、材料比例、年度施工天数和材料储备定额天数等因素。

工程量价款计算

包括分部分项工程费、措施项目工程费和其他项目工程费，计算时考虑规费率和税率。

税费预缴

增值税预缴：根据不同的计税方法（一般计税或简易计税），使用不同的公式计算预缴税款。

简易办法：价税合计除以（1-税率）乘以税率，例如简易办法为3%。

一般计税方法：价税合计除以（1-税率）乘以税率，例如一般计税方法为9%。

工程质量保证金扣留

根据已完工程量价款、调值、变更、索赔、奖励等因素计算扣留比例。

竣工结算款计算

实际总造价减去保证金、累计已实际支付合同价款（含预付款）等。

其他费用计算

可能包括其他与工程相关的费用，如措施预付款、业主供料款、罚款等。

具体的计算方法和比例可能因地区、工程类型、合同条款和当地税法规定而有所不同。在实际操作中，建议咨询专业的会计师或税务顾问以获取准确计算方法和应缴税额。