查补的增值税应该计入“应交税费”科目下的“未交增值税”子科目中。具体的会计分录如下：

1. 计提查补的增值税时：

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借：以前年度损益调整

贷：应交税费——未交增值税

```

2. 实际缴纳查补的增值税时：

```

借：应交税费——未交增值税

贷：银行存款

```

以上会计分录适用于税务机关查出的查补增值税情况。如果是企业自查发现的补缴情况，会计处理也是类似的。

请根据您的具体情况选择合适的会计分录进行记录