金税三期系统填写个人所得税的步骤如下：

1. 打开金税三期软件，进入首页。

2. 进行人员登记，包括增加、删除、修改员工信息。

3. 在首页选择报表填写，选择工资薪金报表。

4. 填写员工的基本信息，包括收入等信息。

5. 确认收入额，即应发工资（收入总额），并填写五险一金扣除信息。

6. 核对数据无误后，进行申报操作。

请注意，个人所得税的计算方式是先从收入中扣除5000元的基本减除费用，再扣除五险一金等专项扣除，最后根据适用税率计算税额。