物流公司在处理收入时，需要遵循以下会计分录规则：

确认收入

当物流公司收到款项时，会计分录为：

```

借：银行存款/应收账款

贷：主营业务收入

应交税费—应交增值税（销项税额）

```

计提税金

根据收入金额计算并计提增值税销项税：

```

借：主营业务税金及附加

贷：应交税费—应交增值税（销项税额）

```

结转成本

当物流公司支付与收入相关的成本时，会计分录为：

```

借：主营业务成本

贷：应付账款/银行存款

```

其他相关费用

物流公司可能还会发生其他与收入相关的费用，如运营车辆折旧、通行费等，会计分录为：

```

借：主营业务成本—折旧费/修理费/通行费

贷：累计折旧/银行存款

```

印花税

根据合同金额的不含税数额计提印花税：

```

借：税金及附加—印花税

贷：银行存款

```

收入明细

主营业务收入科目下可设有具体明细科目，如主营业务收入-运输费、主营业务收入-仓储费等。

请根据实际业务情况和当地税法规定进行会计处理，并确保遵守相关税收法规。