员工请假扣款的入账处理通常遵循以下步骤：

计提工资费用

当月计提工资时，根据员工所属部门确定费用科目，并计入应付职工薪酬。

会计分录为：

```

借：管理费用/销售费用/制造费用等

贷：应付职工薪酬——工资

```

实际发放工资并扣除请假款项

实际发放工资时，根据员工的请假情况，将应付工资进行相应的扣减。

会计分录为：

```

借：应付职工薪酬——工资

贷：其他应收款——社保个人部分（如有）

应交税费——应交个人所得税（如有）

银行存款/库存现金（实发工资，即应发工资减去请假扣款、社保个人部分、个人所得税等）

```

记录请假扣款部分

请假扣款部分可以计入营业外收入，因为这部分收入与企业正常业务无直接关系。

会计分录为：

```

借：应付职工薪酬

贷：营业外收入

```

或者，如果直接从工资中扣除，则分录为：

```

借：管理费用等科目

贷：营业外收入

```

请注意，这些分录可能因企业的具体会计政策和所在国家的会计准则而有所不同。务必遵循相关法规，并确保账目的准确性和合规性