当单位不配合审计工作时，审计单位可以采取以下措施：

沟通联系

与被审计单位的相关负责人进行深入交流，明确审计的目标、范围及时间安排。

阐述配合审计工作的必要性及其影响。

发布正式函件

向被审计单位发送正式函件，明确提出配合审计的要求，包括所需材料和具体期限。

征询上级帮助

向被审计单位的上级管理单位或主管部门汇报困境，请求协助。

法律途径

在必要时，依法采取强制措施，如查封、扣押相关资料等，但须遵循法律法规。

政府审计部门特定措施

得到领导支持，严格审计。

发布审计通报，封存相关资料和违法资产，必要时申请法院冻结存款。

法律依据

《审计法》规定，对于不配合审计的行为，审计机关可责令改正、通报批评、给予警告，并依法追究责任。

其他处罚措施

包括警告、罚款、移送司法机关追究刑事责任等。

应对策略

理解对方担忧，强调管理缺陷和风险，而非指责错误。

将审计结论或建议的重心放在内控提升上。

树立审计是协助者而非监督者的角色。

审计过程中的注意事项

避免过度控制，适度提出整改或提升建议。

对于小问题，应谨慎定性，并肯定对方成绩。

以上措施应在尊重法律、合理评估风险的基础上，有序进行。