发票抵工资通常是指企业允许员工使用发票来报销一部分工资，以减少员工应缴纳的税款。以下是发票抵工资的基本操作流程：

预先扣除报销金额：

企业预先从员工工资中扣除一定金额作为报销金额。

提交发票：

员工在规定时间内将发票提交给企业。

税务系统确认：

企业将报销凭证上传至税务系统，税务系统确认报销金额和应缴税款。

补发工资：

税务系统确认报销凭证及税款无误后，企业将剩余的报销金额补发给员工。

例如，如果员工工资为10000元，企业预先扣除2000元用于报销，员工提供了200元的医疗费用发票，税务系统确认后需扣除64元税款，企业收到税款确认后将剩余的136元补发给员工，那么员工最终得到的工资为10000元减去2000元报销抵工资后得到的8136元。

需要注意的是，使用发票抵工资可能涉及税务问题，必须遵守相关税法规定，否则可能被视为偷税漏税，财务人员和相关责任人员可能需要承担法律责任。