个体户三个月申报一次的申报方式如下：

首先，需要准备申报材料，包括财务报表、纳税申报表、发票等相关文件。这些文件应该真实、准确、完整地反映你的经营情况和纳税情况。

然后，可以通过税务机关的网站或电子税务局进行在线申报。

在申报时，需要填写纳税申报表，并提交相关证明材料。

最后，需要按时缴纳应缴纳的税款。如果你没有按时缴纳税款，可能会面临罚款和滞纳金等处罚。