食品公司在进行增值税抵扣时，可以抵扣的项目主要包括：

1. 食材的购货发票；

2. 调味品的进项发票；

3. 酒水饮料的进项发票；

4. 水、电、燃气的进项发票；

5. 房屋租金的进项发票；

6. 自用房产的进项发票；

7. 交通工具的进项发票；

8. 装修店面取得的进项；

9. 期间费用中的进项；

10. 农产品销售发票、收购发票、收购凭证、收购清单、收购单据等；

11. 一般纳税人开具的增值税专用发票；

12. 海关进口增值税专用缴款书；

13. 农产品深加工抵扣等政策。

需要注意的是，餐饮发票通常不能用于抵扣增值税进项税额，但可以作为企业所得税税前扣除的项目。

请根据您的具体情况，确保所有抵扣项目符合相关税法规定，并按规定进行申报和备案。