抵扣联凭证的保管方法如下：

选择合适的存放地点

确保存放地点干燥、通风、防潮、防蛀、防鼠。

分类存放

使用文件盒或文件夹按年份、月份等标识分类存放。

对于未抵扣的发票，可以单独存放，并在文件袋或信封上标注相关信息。

防止损坏

避免折叠、扭曲，以免影响清晰度。

平铺存放，避免直接接触空气以防褪色。

电子存档

如果抵扣联较多，可以考虑使用扫描仪将其电子化，便于长期保存和查找。

定期整理

定期检查抵扣联，确保没有遗漏和错误。

对于过期的抵扣联，按照规定进行销毁处理。

装订保存

将抵扣联按月装订成册，并在封面填写必要信息。

对于已认证并申报抵扣的增值税专用发票的抵扣联，与认证结果清单一起装订。

专人管理

指定专人负责管理抵扣联，确保其安全和完整。

遵守保存期限

根据税务机关的规定，抵扣联需要保存一定的年限，通常为5年或更长时间。

接受税务检查

随时准备接受税务机关的查询及检查。

以上步骤可以帮助您妥善保管抵扣联凭证，确保其完整性和可读性，方便日后查询和核对