南京市征收环保税的过程涉及税务部门与企业之间的合作，具体步骤如下：

信息对接与协作

南京市财政、地税、环保部门成立环保税征管协作小组，确保环保税的顺利征收。

环保部门负责对企业污染物进行检测，并在税务部门对企业申报结果有疑问时进行复核。

企业申报流程

企业首先需要在电子税务局中选择相关模块进行税源采集。

进入“环境保护税源信息采集”模块，按次申报，选择是否从事海洋工程、污染物类别（如大气污染物）、区划（项目所在地），并录入排放口信息。

排放口地理坐标（经纬度）需要准确填写，税源有效期起止时间按照整个项目工期填写。

选择特征指标（如建筑扬尘），并计算特征系数。

完成后保存并返回主页，系统会自动赋予税源编号。

在主页选择环境保护税基础信息采集表进行申报数据录入，包括数据初始化和特征指标的计算。

联席会议制度

通过不定期召开联席会议，三个部门协商解决问题，明确下一步工作内容。

以上步骤确保了环保税的征收既符合法规要求，又便于企业操作。