处理分公司往来差异的步骤通常包括：

查明原因

确认差异产生的原因，这可能包括会计记录的延迟（未达账项）或会计记账错误。

对账核实

与总公司进行对账，核实往来账务差异。

调整处理

如果差异是由于会计记录的延迟，则需要调整账目，将未达账项及时入账。

如果差异是由于会计记账错误，则需要更正错误，并调整相关账目。

核销坏账

如果差异是由于坏账，则可能需要将这部分差异核销，并在利润表中相应调整营业外收支。

法律依据

根据《公司法》第十四条，分公司虽不具有法人资格，但其民事责任由总公司承担。

沟通解决

及时与负责人沟通，发现问题并及时解决。

冲回错误

一旦查明原因，将错误的账目冲回，并按照正确的处理方法重新记账。

请确保在进行上述步骤时，遵循公司的内部控制和会计政策，并确保所有调整都有适当的文档记录和审批。