连锁企业在交税方面通常遵循以下步骤：

确定适用税率：

根据所在地区的税法，确定适用的税率。

计算应纳税所得额：

根据收入类型（如销售额、服务费等）计算应纳税所得额。

选择纳税方式：

根据税法规定，选择合适的纳税方式，如增值税、企业所得税等。

申报纳税：

按月或季度向税务机关申报纳税，并提供相关财务报表和凭证。

缴纳税款：

按照规定期限缴纳税款，并妥善保留税务凭证以备查验。

对于跨地区经营的直营连锁企业，可能有以下特殊情况：

如果连锁店由总部全资或控股开设，并在总部领导下统一经营，实行统一采购配送商品、统一核算、统一规范化管理和经营，并符合特定条件，总店可以向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。

分店通常不具有独立的法人资格，不能独立申报纳税，但可各自独立核算后汇总至总部。

对于自愿连锁企业或特许连锁企业，各独立核算门店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。

超市连锁企业除了缴纳增值税和企业所得税外，还需缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等附加税费。

纳税地点可能会根据增值税条例和总部与分店的运营模式有所不同。

请注意，税法规定和地方政策可能会有更新，连锁企业在交税时应关注最新的税法信息，确保合规纳税。