水利基金的计算方式通常是根据企业的营业收入来确定的。根据提供的信息，水利基金的征收标准如下：

征收比例：

水利基金一般按照营业收入的千分之一缴纳。

特殊情况：

某些情况下，地方水利建设基金的征收比例可能会有所调整，例如由1%降为0.5%，但这取决于当地税务部门的规定。

免征情况：

如果企业的月营业收入或销售收入未达到流转税的起征点，则可能免征水利基金。

计算公式：

应纳水利基金额 = 销售收入或营业收入 × 适用征收率。

请根据您企业的具体情况以及当地税务部门的规定来计算应缴纳的水利基金金额。