当企业支付运费但尚未收到发票时，通常的处理方式是先将款项计入预付款或其他应收款中进行核算。以下是具体的会计处理步骤：

预付款处理

借：预付账款或其他应收款

贷：银行存款

收到发票后的处理

当收到运费发票时，根据发票内容进行会计分录：

借：管理费用-运输费

借：应交税金-应缴增值税-进项税

贷：预付账款或其他应收款

请注意，没有发票通常意味着不能进行增值税抵扣。此外，年终所得税汇算清缴时，如果没有相应的发票，可能需要做纳税调增。

请根据您的具体情况选择合适的会计处理方法。