企业自用房产需要缴纳的税种主要包括：

房产税

房产税的计算可以基于房产的原值减除累计折旧后的余值，或者根据租金收入来计算。

对于自用房产，通常按照房产原值一次减除30%后的余值计算缴纳，税率为1.2%。

城镇土地使用税

征收依据为纳税人实际占用的土地面积，按照规定的税额标准计算征收。

印花税

印花税比例税率为0.05%，对于房产交易合同等特定文件需要缴纳。

契税

契税的税率通常为3%至5%，具体税率由地方政府确定。

增值税

如果企业将自建的商品房转为自用，并没有支付对价且权属未发生转移，不属于增值税纳税情况，因此不征收增值税。

附加税费

包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加，这些税费通常是基于增值税税额计算的。