在处理存货报废的进项税额时，企业需要遵循以下步骤：

核实报废金额

确保报废金额不超过原材料的金额。

计算含税金额

根据报废材料的准确含税金额，考虑进货时既包括专用发票也包括普通发票的情况。

计算进项税额

结合专票和普通发票的情况，分别计算出报废后的专票和普通票的税额，然后累加。

会计分录

发生报废时，应调减存货的账面价值，并记录待处理财产损溢。

经批准后，根据具体情况做相应会计处理，如残料入库、应收赔偿、管理费用或营业外支出等。

税务申报

准备税务申报材料，包括存货报废证明、税务登记证、财务报表等，并向税务机关提交申请。

注意事项

确保所有文件和记录的真实性和完整性。

遵循税法规定，确保处理流程的合法性。

请根据这些步骤进行操作，并确保遵循当地税法和会计准则。