商业企业在进行增值税抵扣时，可以使用的发票主要包括以下几类：

增值税专用发票：

一般纳税人在销售货物或提供应税劳务时，向购买方开具的发票，购买方可以凭借此发票进行进项税额的抵扣。

海关进口增值税专用缴款书：

企业进口货物时，由海关出具的缴款书，企业可以根据此缴款书进行抵扣应纳税额。

农产品收购和销售发票：

纳税人购进农产品时取得的销售发票或收购发票，可以按照规定计算进项税额进行抵扣。

旅客运输服务发票：

纳税人购进国内旅客运输服务时取得的增值税电子普通发票，其进项税额允许从销项税额中抵扣。

其他可抵扣发票：

包括某些特定情况下取得的发票，如从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证等。

请注意，抵扣增值税时，必须确保相关发票真实有效，并且符合税法规定的抵扣条件。此外，抵扣的进项税额需在规定的期限内进行申报抵扣。