回购股票时，资本公积的计算取决于回购价格和股票的面值。资本公积通常是由股票发行时产生的溢价收入减去股票面值后的余额。

根据您提供的信息，回购价格是每股3元，股票的面值是每股1元。因此，资本公积计算如下：

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资本公积 = （回购价格 - 股票面值） × 回购股数

资本公积 = （3元/股 - 1元/股） × 1000股

资本公积 = 2元/股 × 1000股

资本公积 = 2000元

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所以，回购股票时确认的资本公积是2000元