当发票超出定额时，通常需要按照以下步骤和规则缴纳税款：

超出部分计算

超出定额的部分应按照实际发生的销售额计算。

税率

对于小规模纳税人，增值税的税率通常是3%。

城建税、教育费附加和其他地方附加通常按照营业税的一定比例征收，例如：

城建税：营业税的7%

教育费附加：营业税的3%

其他地方附加：营业税的1%

申报和缴纳

纳税人应向税务机关申报超出部分的税款。

税务机关会根据纳税人的具体情况重新核定定额。

注意事项

如果纳税人连续几个纳税期的实际经营额超过核定定额，税务机关可能会调整其定额。

纳税人应如实向主管税务机关申报调整定额。

请根据您的具体情况，遵循当地税务机关的规定进行申报和缴纳税款。