员工支款做账通常遵循以下步骤：

确定支款原因和金额

确定员工支款的性质（如预支工资、备用金、差旅费等）。

明确支款的金额。

会计分录

预支工资：

借：其他应收款——预支工资

贷：现金或银行存款

支付工资：

借：应付职工薪酬——工资

贷：银行存款（或库存现金，若为现金支付）

预支其他款项（如备用金）：

借：其他应收款——备用金

贷：银行存款

报销差旅费（员工已预借差旅费）：

借：管理费用——差旅费

贷：其他应收款——预借差旅费

收回备用金：

借：银行存款

贷：其他应收款——备用金

注意事项

确保所有支款都有合理的凭证支持。

对于预支工资，如果员工长时间未归还，可能存在税务风险，需要视同发放工资并代扣代缴个税。

出纳主要负责资金的出入和单据的核对，会计负责具体的会计分录处理。

以上步骤和注意事项可以帮助企业正确处理员工的支款事项。