股权转让时出现差额的处理方式通常包括以下几点：

协商处理

股权转让双方应首先尝试协商处理差额问题。

如果双方协商一致，应在转让协议书中明确载明处理结果。

税务处理

根据《个人所得税法》，股东转让股权后取得的收益减去投资成本的差额属于财产转让所得，需按差额的20%征收个人所得税。

如果涉及未分配利润，这部分数额通常也会作为应税所得一并计算税额。

如果实施利润分配，则转让方分得的红利纳入其整体汇算清缴范畴。

法律途径

如果协商不成，可以寻求法律途径解决，例如向法院提起诉讼。

在进行股权转让之前，建议咨询专业律师或公司法专业人士，办理相关事宜。

请注意，税务处理可能较为复杂，具体操作前建议咨询专业税务顾问或律师以获得准确指导。