根据提供的信息，如果开具的是10万元的增值税专用发票，并且税率为3%，那么应缴纳的税款计算如下：

```

应纳税额 = 税前所得收入 × 税率

应纳税额 = 100000元 × 3%

应纳税额 = 3000元

```

所以，开具10万元的增值税专用发票，按照3%的税率计算，应缴纳的税款为3000元。

请注意，税务政策可能会有更新，因此建议联系当地税务机关获取最新的税务信息