被挂靠单位在代扣税款时，通常需要扣除以下几种税：

增值税：

根据提供的服务或销售的商品计算税额。

城市维护建设税：

依据增值税、消费税的应纳税额的一定比例征收。

教育费附加：

按照增值税、消费税的应纳税额的一定比例征收。

地方教育费附加：

同样基于增值税、消费税的应纳税额征收。

个人所得税：

由挂靠的个人按照其收入依法缴纳。

印花税：

根据合同或凭证的性质和金额计算税额。

此外，根据挂靠的具体情况，可能还会涉及到企业所得税等其他税种的代扣代缴。需要注意的是，税法的具体应用可能因地区、行业和具体操作而有所不同，建议咨询当地税务局或专业税务顾问以获得最准确的指导