民办非企业机构需要缴纳的税种主要包括：

增值税

小规模纳税人税率通常为3%（全部收入为计税依据，不减除成本费用）。

一般纳税人税率为6%-16%。

城建税

根据纳税人所在地的不同，税率通常为7%（市区）、5%（县城、镇）或1%（不在市区、县城或镇）。

教育附加税

通常按缴纳的税金及附加的3%缴纳。

地方教育附加费

通常按缴纳的税金及附加的2%缴纳。

水利基金

通常按缴纳的税金及附加的1%缴纳。

印花税

合同按金额的万分之三贴花。

所得税

根据盈利情况选择适用税率，通常为5%或10%或25%。

土地使用税