小规模纳税人在发放工资时，应遵循以下流程和注意事项：

登记与招聘

向当地劳动保护局和税务局登记，确认小规模纳税人身份。

招聘员工，并按规定计算和支付薪酬。

工资计算与缴税

根据员工的基本工资、奖金、福利等计算总薪水。

计算应缴纳的税款，包括个人所得税、社会保险费等。

工资发放

按照计算的工资及时足额发放给员工。

可以通过银行转账或现金形式发放。

会计处理

先计提工资费用。

实际发放工资时，应根据规定扣除个人社保、公积金、个人所得税等。

计提并缴纳单位应缴的社保和公积金。

疫情下工资发放

对于感染者或接触者不能提供劳动的，应支付相应的工作报酬。

企业因疫情生产经营困难时，可与职工协商调整薪酬。

法律依据

《劳动法》规定用人单位应依法保障劳动者权利。

《工资支付暂行规定》指出工资必须在约定日期支付，至少每月一次。

其他注意事项

个体户可以使用个人账户发工资，但公司必须用公户。

银行可以代发工资，但需要企业开立基本账户并申请网银代发功能。

记录和保存工资支付的相关信息以备查。

请根据最新的税法规定和企业实际情况进行操作，并考虑疫情等特殊情况对工资发放的影响。