物流公司税金计算主要涉及增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、所得税等。以下是具体的计算方式：

增值税

一般纳税人

销项税额：根据不含税销售收入乘以适用税率计算。

进项税额：根据允许抵扣的进项税额计算。

应纳税额：销项税额 - 进项税额。

小规模纳税人

应纳税额：根据不含税销售收入乘以征收率计算。

城建税

税率：根据物流公司所在地不同有所区别，市区为7%，县城、镇为5%，其他地区为1%。

计算方式：应纳税额 = 实际缴纳的增值税 × 税率。

教育费附加和地方教育费附加

税率：教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。

计算方式：与城建税的计算方式相同。

所得税

查账征收：应纳税所得额 = 收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除金额 - 允许弥补的以前年度亏损。

核定征收：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率。

其他税种

印花税：根据运输合同、仓储保管合同等按比例计算。

土地使用税、 房产税、 个人所得税等根据具体情况计算。

例子

假设物流公司为一般纳税人，提供运输服务的不含税销售收入为10万元，销项税率为9%，进项税额为0.5万元。

销项税额= 10万元 × 9% = 0.9万元

应纳税额= 0.9万元 - 0.5万元 = 0.4万元

请根据实际业务情况和当地税收政策进行具体计算。