物流公司需要缴纳的税种和税率如下：

增值税

一般纳税人：陆路、水路、航空和管道运输服务的增值税税率为11%，物流辅助服务如仓储、配送及货运代理的税率为6%。

小规模纳税人：上述服务的增值税税率为3%。

营业税 （如适用）：

物流属于服务业，主税为营业税，税率通常为5%。

附加税费

城建税：按营业税的一定比例缴纳，市区税率为7%，县镇为5%，其他为1%。

教育费附加：按营业税的3%缴纳。

地方教育费附加：按营业税的2%缴纳。

所得税

一般纳税人：按利润的25%缴纳企业所得税。

小规模纳税人或特定条件下的企业（如小型微利企业、高新技术企业）可能有税率优惠。

其他税费

房产税、土地使用税、印花税、车船税等。

按销售收入的堤围费或水利基金等。

请注意，税率可能会根据最新的税法规定和地方政策有所变动，具体情况建议咨询当地税务机关或专业税务顾问