当企业在会计期末发现应交增值税的余额为负数时，通常意味着企业在本期内进项税额大于销项税额，或者可能有其他调整项导致实际应纳税额为负。这种情况下，结转过程如下：

1. 结转进项税额：

```

借：应交税费-应交增值税（转出未交增值税）

贷：应交税费-应交增值税（进项税额）

```

2. 结转销项税额：

```

借：应交税费-应交增值税（销项税额）

贷：应交税费-应交增值税（转出未交增值税）

```

3. 结转应缴纳增值税（即进销差额）：

```

借：应交税费-应交增值税（转出未交增值税）

贷：应交税费-未交增值税

```

4. 实际交纳时（如果有的话）：

```

借：应交税费-未交增值税

贷：银行存款

```

如果企业收到税务机关退回多缴的增值税，则作相反的会计分录。

请注意，如果一般纳税人企业的进项税额大于销项税额导致应交税费出现负数，根据规定，该项应一律填零，不填负数。

以上步骤确保了会计记录的准确性和合规性，同时也体现了税务处理的原则。