快递公司在收货时的记账方法如下：

收入确认

当收到快递费时，应记录为“主营业务收入”。

如果是增值税一般纳税人，还需记录“应交税费-应交增值税（销项税额）”。

如果是增值税小规模纳税人，则记录为“主营业务收入”和相应的税额。

记账凭证

根据收据编制经手人收支单。

根据收支单和凭证，登记账簿。

会计分录

收到快递费时：

贷：应交税费-应交增值税（销项税额）

```

支付成本、费用时：

```

借：主营业务成本

借：管理费用等

借：应交税费-应交增值税（进项税额）

贷：银行存款

```

借：主营业务成本

贷：应付职工薪酬

```

借：主营业务成本

贷：应付职工薪酬

借：主营业务收入

贷：本年利润